次の専門分野において、当該科の専門医（あるいは認定医）制度と整合性をとりながら、3年から5年にわたる外科系後期研修プログラムが用意されている。なお、各科の特殊性に応じて、必須ローテーションあるいは選択ローテーションが用意されている。

一般外科	脳神経外科
心臓血管外科 　血管外科プログラム	整形外科 　整形・リハビリテーション科複合プログラム
脊椎脊髄外科	スポーツ医学科
泌尿器科	産婦人科
乳腺科	形成外科
眼科	耳鼻咽喉科
皮膚科