次の専門分野において、当該科の専門医（あるいは認定医）制度と整合性をとりながら、3年から5年にわたる内科系後期研修プログラムが用意されている。

総合診療・感染症科	循環器内科
消化器内科	呼吸器内科
神経内科	腎臓高血圧内科
血液・腫瘍内科	腫瘍内科
糖尿病内分泌内科	リウマチ膠原病内科
リウマチアレルギー内科	小児科 　内科・小児科複合プログラム
在宅医療部	家庭医診療科
地域ホスピタリストプログラム	心療内科・精神科
東洋医学診療科	内科合同プログラム