亀田後期研修プログラムは、おおまかに内科系と外科系に大別されます。
いずれも、2年間の初期研修を修了した医師を対象としています。内科、外科ともにローテーションを含めて、幅広い研修を可能としています。

次の専門分野において、当該科の専門医（あるいは認定医）制度と整合性をとりながら、3年から5年にわたる内科系後期研修プログラムが用意されている。

総合診療・感染症科	循環器内科
消化器内科	呼吸器内科
神経内科	腎臓高血圧内科
血液・腫瘍内科	腫瘍内科
糖尿病内分泌内科	リウマチ膠原病内科
リウマチアレルギー内科	小児科 　内科・小児科複合プログラム
在宅医療部	家庭医診療科
地域ホスピタリストプログラム	心療内科・精神科
東洋医学診療科	内科合同プログラム

次の専門分野において、当該科の専門医（あるいは認定医）制度と整合性をとりながら、3年から5年にわたる外科系後期研修プログラムが用意されている。なお、各科の特殊性に応じて、必須ローテーションあるいは選択ローテーションが用意されている。

一般外科	脳神経外科
心臓血管外科 　血管外科プログラム	整形外科 　整形・リハビリテーション科複合プログラム
脊椎脊髄外科	スポーツ医学科
泌尿器科	産婦人科
乳腺科	形成外科
眼科	耳鼻咽喉科
皮膚科

上記の他に、次の専門分野において、後期研修プログラムが用意されている。

救命救急科	麻酔科
放射線科	リハビリテーション科
臨床病理科	疼痛・緩和ケア科

内科・小児科複合プログラム	整形・リハビリテーション科複合プログラム
内科合同プログラム